水利建筑工程学院的前身是石河子农学院水利系，创建于1965年4月。在长期办学过程中，学院在学科建设和人才培养方面形成了具有鲜明区域特色和优势的学科体系。学院目前拥有“农业工程”一级博士点，“农业水土工程”二级博士点，“农业工程”和“水利工程”一级硕士点，“农业水土工程”、“水利水电工程”、“水工结构工程”等五个二级硕士点。下设农业水利工程、水利水电工程、土木工程（结构工程方向和路桥方向）、建筑学、给水排水工程五个本科专业。学院通过多年发展形成了以博士研究生教育、硕士研究生教育、本科教育和成人教育多层次、多渠道、多形式的办学模式。学院先后与西北农林大学、重庆大学、华中科技大学等国内重点院校建立合作交流关系，并定期向以上高校选送优秀学生插班学习。

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